繁华大都会美国纽约邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹甚嚣尘上安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统发誓维护城市的和平第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面在第二次遭遇非常事件时她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴她将这个消息告诉给萨克斯可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……本片根据同名经典漫画改编