在太一一行人告别数码世界后数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门而数码世界的内部却没有太平多少时日就又开始了纷争 　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战只有阿武和小光成为了新一代的领头人被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等还有新的数码宝贝参与于是在第一代数码人的带领下新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……