自2002年X档案的六年后前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活继续着对超自然现象的关注某天FBI探员前来请求他们的帮助原来一段时间内维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪其中甚至包括一名联邦探员由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查然而随着调查的深入穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 　　本片为同名美剧的第二部剧场版